Om de werkzaamheden binnen het programma gestructureerder en meer in samenhang te kunnen uitvoeren is gekozen voor een aanpassing van de programmastructuur. Waar tot nu toe werd gewerkt binnen verschillende werkpakketten,  zijn er nu drie hoofdwerkstromen ingericht waar ook drie nieuwe managers op zijn benoemd; operationele processen en technisch management (voorheen de werkpakketten materieel, infrastructuur en vervoerssysteem), contractmanagement en omgevingsmanagement.
 
Wim Knopperts wordt manager operationele processen en technisch management. Hij neemt afscheid van zijn huidige functie als directeur Assetmanagement bij ProRail. Daarnaast start Willem de Graaf, op dit moment projectmanager bij Rijkswaterstaat, als manager contractmanagement. Eric Mink is tot en met de zomer manager omgevingsmanagement en wordt daarna opgevolgd door Ernst Cramer, op dit moment manager European Affairs bij NS. Daarnaast zijn de initiatiefnemers van het programma (ProRail, NS en het ministerie van Infrastructuur en Milieu) aangesloten op de besluitvorming en processen in het programma via zogenoemde liaisonmanagers. De liaisonmanagers vertegenwoordigen de moederorganisatie binnen het programma en zij borgen de programmadoelen binnen de moederorganisaties. I&M, NS en ProRail hebben een eigen Liaison manager. Voor I&M is hiervoor Merel Remkes gestart, zij was hiervoor werkzaam bij het Ministerie van BZK, voor NS is dit Esmé Kalshoven (hiervoor werkzaam binnen het programma als manager Hoofdwerkpakket Materieel) en voor Prorail Saskia Groot (hiervoor werkzaam binnen het programma als manager Hoofdwerkpakket Infrastructuur). Daarnaast is als manager Programmaondersteuning Debby Wagendorp gestart, zij was hiervoor werkzaam bij NS. Andere functies zijn ongewijzigd.